В 1802 г вдова Павла I Мария Федоровна подала своему сыну императору Александру I мысль об устройстве больницы для бедных в ознаменование 100-летнего юбилея столицы.Разработать проект поручили придворному архитектору Джакомо Кваренги. Строительство началось 28 мая 1803 г. с закладки церкви Святого Павла. Двухэтажное больничное здание с церковью посередине, центральным коридором боковыми палатами было закончено весной 1805 г., но открытие больницы отложили до дня Святого Александра – 3 августа,т.е. до дня тезоименитства молодого императора.

Здание больницы отмечено благородной простотой и изящной строгостью архитектурных пропорций. Внутренняя планировка больницы тоже была тщательно продумана. Палаты и комнаты отделялись друг от друга толстыми стенами, чтобы больные меньше беспокоили друг друга.В самой большой палате размещалось не более 15 кроватей. Принцип же коридорной планировки, созданный по европейскому типу, не устарел и до сих пор.

Спустя некоторое время после открытия, больница стала практической школой для молодых врачей Медико-хирургической академии. Однако лечение в то время сводилось к обычному массажированию, кровопусканиям, применению шпанских мушек и пьявок. Были в большом ходу народные, знахарские приемы и средства лечения.

С начала 1814 г.к уходу за больными были привлечены так называемые "сердобольные вдовы", которые назначались сюда из Вдовьего дома. Больничная инструкция по поводу их дежурства гласила: “Должность не многосложна, но важна для страждующих и требует хорошего рассудка и много терпения”. Вдовы эти “одеты в платье темного  цвета и носят на шее золотой крест на зеленой ленте. На кресте сем с одной стороны, вокруг образа Божьей матери,написано: всех скорбящих радость, а с другой одно слово:"сердоболие".

Часть бывшего Итальянского сада, составляющая территорию больницы, не только служила местом прогулок выздоравливающих больных, но и приносила немалый доход. До 1836 года существовали оранжереи, а до самого конца 1850-х гг –огороды, где выращивались фрукты и овощи.

После кончины императрицы Марии Федоровны – в октябре 1828 г. - больница в ее честь получила название Мариинской.

С самого начала главными и старшими врачами назначались шведы, но в основном врачебный персонал состоял из немцев, порой даже не знавших русского языка. Скорбные листы (историй болезни) долгое время велись в ней на немецком и латинских языках. До 1866 года имена больных значились только по-немецки. Но с другой стороны в этом заключается особый смысл:“ Названия же болезни и предписанных лекарств написаны особо по латыне на аспидной доске,висящей также в головах больного. Сие делается для того,дабы он не знал своей опасности”. И все же в этой рутине отельные представители русской медицины пробивали себе дорогу. Одним из них был выдающийся русский хирург Буяльский И.В., заведовавший хирургическим отделением больницы.То многое, что благодаря Буяльскому И.В.происходило в хирургии впервые,осуществлялось Мариинской больнице. Именно здесь происходило большинство его самых разнообразных операций, начиная с пластических и костных и заканчивая грыжами и литотомиями. За свою жизнь И.В. Буяльский сделал более 2000 больших операций – цифра по тем временам фантастическая, причем он свято был верен принципу, который выразил в одном из своих постулатов: “Легко отнять руку или ногу, но никогда еще не удавалось приставить ошибочно отнятую руку или ногу, а отсюда: " семь раз подумай и один раз отрежь”.

В конце 1854 года, когда шла Крымская война на театр военных действий из больницы по собственному желанию были отправлены 7 фельдшеров и 30 сердобольных вдов “ Лучшим доказательством их самоотвержения, - писал великий русский хирург Н.И. Пирогов, - служит то, что 12 вдов кончили свое существование, впав в болезнь от госпитальных занятий и заразы”.

Главным врачом больницы в 1884 г. стал ученик С.П.Боткина Алышевский В.И. При нем больница сделалась практической школой для молодых врачей и кандидатов Военно-медицинской академии, именовавшихся интернами. При небольшом жалованье интерны имели при больнице стол и квартиру, т.е. жили в самой больнице. Они пользовались здесь консультациями врачей, производили малые операции, перевязывали раны, вели истории болезни и т.д.

Мариинская больница в числе первых в городе принимала на себя удары эпидемий, обрушившихся на Петербург в середине 19-го века. В холеру 1831 - 1832 годов отличалась хожатая прислужница Васильева, “как первая, подавшая пример ухода за холерными больными”. В тифозную эпидемию 1846 года наплыв больных был настолько велик, что больница была вынуждена ежедневно отказывать в приеме многих из них. В холеру 1870- 1873 годов не было вольнонаемных, желавших добровольно ходить за больными, и тогда, по просьбе больницы,обер - полицмейстер города командировал для этого… пожарников.

Весной 1845 года на ее территории, на месте огорода, по проекту архитектора А. П. Брюллова (брата живописца Карла Брюллова) при участии архитектора Шарлеманя I-го начали возводить новое здание. Оно вступило в строй в канун 1848 года и получило название Александринской женской больницы, ставшей специализированным отделением Мариинской больницы. Историк П.Н. Столпянский выдвинул версию, что из-за прихода сюда людей “с надеждой выздороветь” , бывшую Шестилавочную улицу, к которой примыкало новое отделение больницы, стали называть Надеждинской улицей (ныне улица Маяковского).

В 1891 году рядом с Александринской женской больницей ввиду увеличения числа амбулаторных больных построили здание амбулатории, в которое через год перевели хирургическую и терапевтическую приемные. К февралю 1905 года была закончена последняя постройка на территории больницы, приуроченная к ее 100-летнему юбилею-двухэтажное здание изоляторного отделения

В каждом из отделений больницы существовали небольшие библиотеки для больных, демонстрировались световые картинки при помощи “волшебного фонаря”. Библиотека для врачей помещалась в нижнем этаже главного здания и насчитывала к 1914 году 7344 тома.

Больница помимо своих капиталов курировалась государственной казной. Ей назначался также богатый почетный опекун, который содействовал ее нуждам материально и морально. Таким опекуном в 1832-1839 годах был известный композитор и меценат М.Ю. Виельгорский, а затем принц П.Г. Ольденбургский, поддержавший многие прогрессивные свершения в отечественной медицине. В феврале 1844 г. по инициативе принца Ольденбургского при больнице было создано фельдшерское училище с трехгодичным курсом обучения. П.Г. Ольденбургский снабжал больницу на собственные средства различными препаратами, креслами, носилками и даже лично сконструировал специальную гидростатическую с резиновым матрасом кровать для больных, страдающих пролежнями.

В 1889 году перед железной оградой Мариинской больницы на гранитном пьедестале по проекту скульптора И.Н. Шредера была установлена скульптура П.Г. Ольденбургского в память о его попечительской деятельности. В советское время на ее месте установили традиционную для медицины чашу, обвитую змеей Асклепия, а скульптура была утрачена.

С началом 1-й мировой войны многие врачи больницы были отправлены на фронт, а сама больница принимала раненых солдат. В февральскую революцию 1917г. в Мариинскую больницу привозили людей, пострадавших в уличных боях, в связи, с чем в 1918г. ей было присвоено название “Больница в память жертв революции”.

В первые годы Советской власти больница стала клинической базой института усовершенствования врачей. В ней возникли новые отделения по ушным, горловым и носовым болезням, урологическая, терапевтическая, хирургическая клиники. Было открыто туберкулезное отделение. В 1930г. в больнице была организована служба переливания крови . В 1937г. -было создано первое в городе травматологическое отделение

Во время 2-ой Мировой войны в период блокады в больнице были созданы самостоятельные специализированные госпитали и отделения на базе так называемых “оперативных коек”, выделенных Ленгорздравотделом. Таких коек здесь было 785, где принимали раненых из числа гражданского населения осажденного Ленинграда. От авиабомб и артиллерийских снарядов, обрушившихся на город, пострадали операционная пристройка с Нейрохирургическим институтом, некоторые отделения, прачечная, кухня и другие помещения. Было нарушено центральное отопление, электрическое освещение, зимой в палатах температура доходила до нуля градусов по Цельсию. Воду носили ведрами из Фонтанки, на дрова использовали стены разрушенных зданий, отапливая маленькими “буржуйками” большие помещения. Во время блокады некоторые сотрудники больницы погибли от истощения и обстрелов, но свою работу больница не прекращала ни на один день.

После войны разрушенные здания больницы были восстановлены огороды, и подсобные хозяйства на ее территории упразднены. В 1955 г. на территории больницы открылось шестое медицинское училище. Оно готовит квалифицированных медсестер и других работников среднего медперсонала и по сей день. С 1997 года в этом же училище открыто отделение подготовки православных сестер милосердия.